Das liegt wohl am Internet Explorer. Der zeigt Favicons mal an und mal nicht.
Ist bei mir auch so, wobei der im normalfall eher kein Favicon zeigt!
Schau dirs mal im Firefox oder in Opera an. Wenn da das Favicon anzegeit wird, hast du alles richtig gemacht!
Kannst mal probieren, eine Verknüpfung zu der Seite auf dem Desktop anzulegen oder die Seite zu bookmarken.
Dann steigt deine Chance, das du im Internet Explorer ein Favicon siehst.
Scheint auch was mit dem Chache zu tun zu haben!.
Manchmal hilft es, einfach den Browser Cahce zu leeren und die Seite neu aufzurufen.
Einen allgemeinen Trick, wie man das umgehen kann, wüsste ich nicht.
Du kannst probieren, das du das Favicon so konform wie möglich erstellst
http://www.html-kit.com/favicon/validator
http://michael-hocke.de/tutorial/favicon.php
